Laporan keuangan Kejaksaan tahun 2009 mendapatkan opini wajar dengan pengecualian. Laporan hasil pemeriksaan Badan Pemeriksa Keuangan atas Kejaksaan meningkat dibandingkan dengan tahun-tahun sebelumnya, yakni tidak memberikan pendapat atau disclaimer.
Sebagaimana dikutip dari situs resmi BPK, terungkap temuan kelemahan sistem pengendalian internal di Kejaksaan. Ini khususnya terkait sistem pelaporan tagihan uang pengganti yang belum teraplikasi seluruhnya pada aplikasi sistem akuntansi instansi.