Berbagai komisi atau lembaga penegak hukum, seperti Komisi Kepolisian Nasional, Komisi Kejaksaan, dan Komisi Yudisial, perlu memiliki sistem internal perlindungan saksi. Saksi yang melaporkan kasus pelanggaran administrasi sebaiknya ditangani komisi masing-masing.
Namun, laporan saksi mengenai pelanggaran kasus pidana perlu dikoordinasikan dengan Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban.