20 November 2016 HM Prasetyo genap dua tahun menjabat sebagai pimpinan tertinggi Korps Adhyaksa. Penunjukkan HM Prasetyo sebagai Jaksa Agung sejak awal dinilai kontroversial karena banyak menuai protes dari sejumlah kalangan.

Indonesia Corruption Watch (ICW) memberikan catatan kritis terhadap kinerja Kejaksaan dibawah Jaksa Agung HM Prasetyo selama dua tahun terakhir (November 2014 - November 2016). Evaluasi ini dilakukan dengan dua mata pisau analisa, yaitu kinerja dalam reformasi birokrasi Kejaksaan dan kinerja bidang pemberantasan korupsi.